Der Vertrag von Nizza schuf die notwendigen Voraussetzungen für die Erweiterung der Europäischen Union (EU). Die Ziele, die mit diesen Vertrag erreicht wurden, waren die institutionelle Reform der EU, um auch ein größeres Europa handlungsfähig zu halten. Im einzelnen wurden folgende Reformen beschlossen:

Neugewichtung der Stimmen

Bei Abstimmungen im Rat wurden die Stimmen der Mitgliedstaaten neu gewichtet. Die Spanne der Stimmen zwischen den größten und den kleinsten EU-Mitgliedstaaten wurde größer. Auch die Stimmrechte der Beitrittsländer wurden festgelegt.

Die bevölkerungsreichen Mitgliedstaaten wie Deutschland, Frankreich, Großbritannien und Italien erhielten ein stärkeres Gewicht als bisher, damit auch in einer erweiterten EU ein angemessenes Verhältnis zwischen Stimmengewicht und Bevölkerungsgröße erhalten bleibt.

Zur Stärkung der demokratischen Legitimation von Ratsbeschlüssen wurde zusätzlich bestimmt, dass die Mitgliedstaaten, die eine Entscheidung im Rat annehmen, mindestens 62 Prozent der gesamten EU-Bevölkerung repräsentieren müssen. Dies kann jeder Mitgliedstaat bei Bedarf nachprüfen lassen. Damit bevölkerungsärmere Staaten nicht ohne weiteres überstimmt werden können, muss eine Entscheidung immer auch von der Mehrheit der Staaten getragen sein. 

Europäisches Parlament

Für das Europäische Parlament, das 732 Abgeordnete erhielt, wurde eine neue Sitzverteilung festgelegt, die die Bevölkerungsgröße der Mitgliedstaaten wesentlich stärker widerspiegelt. Als einziger Mitgliedstaat konnte Deutschland danach seinen Bestand - 99 Sitze - behalten.

Größe der Kommission

Seit 2005 besteht die Europäische Kommission aus je einem Kommissar pro Mitgliedstaat. Die großen Mitgliedstaaten verzichten auf ihren zweiten Kommissar. Um bei einer Erweiterung der EU die Kommission auf einer vertretbaren Größe zu halten, wurde in Nizza beschlossen, dass über eine Verkleinerung der Kommission entschieden werden muss, sobald die Union auf 27 Mitgliedstaaten angewachsen ist. Dies soll dann auf der Basis einer gleichberechtigten Rotation zwischen den Mitgliedstaaten erfolgen.

Die Position des Kommissionspräsidenten wurde deutlich gestärkt: Im Vertrag ist festgeschrieben, dass er den einzelnen Kommissaren ihre Zuständigkeitsbereiche zuweisen und auch während der Amtsperiode Veränderungen vornehmen kann. Die Kommissare führen ihre Geschäfte unter seiner Aufsicht. Mit Billigung des Kollegiums kann er den Rücktritt einzelner Kommissare herbeiführen. Schließlich ernennt künftig der Präsident mit Billigung des Kollegiums die Vizepräsidenten.

Weitere Organe und Institutionen

Das Europäische Gerichtswesen wurde durch ein umfassendes Reformpaket auf wachsende Aufgaben vorbereitet: Der Wirtschafts- und Sozialausschuss und der Ausschuss der Regionen erhielten jeweils 344 Mitglieder. Der Ausschuss der Regionen wurde politisch dadurch gestärkt, dass seine Mitglieder ein Mandat auf regionaler oder lokaler Ebene innehaben müssen oder einem gewählten Gremium verantwortlich sein müssen.

Übergang zu Entscheidungen mit qualifizierter Mehrheit

Eine Reihe von Entscheidungen, die bisher nur einstimmig gefasst werden konnten, kamen nun per Mehrheitsentscheidung zustande. Neben Personalentscheidungen - auch der Ernennung des Kommissionspräsidenten - gehörten dazu vor allem Entscheidungen im Bereich der Industriepolitik, der Erleichterung der Freizügigkeit der Unionsbürger und in Teilen der Wirtschafts- und Währungspolitik.

Während im Bereich Justiz/Inneres für die ziviljustizielle Zusammenarbeit (mit Ausnahme des Familienrechts) bereits mit Inkrafttreten des Vertrages von Nizza die qualifizierte Mehrheit galt, wurde dies  bei der Asyl- und Flüchtlingspolitik davon abhängig gemacht, dass zuvor einstimmig gemeinsame Grundsätze hierfür festgelegt wurden. Bei den Struktur- und Kohäsionsfonds konnte ein Einstieg in die qualifizierte Mehrheit erreicht werden.

Die gemeinsame Handelspolitik wurde grundsätzlich auch auf den Handel mit Dienstleistungen und die Bereiche des geistigen Eigentums ausgedehnt; die Bereiche, in denen mit Mehrheit entschieden werden kann, blieben dabei allerdings relativ eng begrenzt.

Verstärkte Zusammenarbeit

Eine Gruppe von Mitgliedstaaten konnte unter Nutzung der Gemeinschaftsinstitutionen ein Projekt vorantreiben, bei dem nicht alle Mitgliedstaaten gleich mitmachen können oder wollen. Gegen die Begründung einer solchen "verstärkten Zusammenarbeit" kann ein einzelner Mitgliedstaat dann kein Veto mehr einlegen; außerdem bleibt die Mindestteilnehmerzahl wie heute auf acht Mitgliedstaaten begrenzt.

Für den Bereich der Gemeinsamen Außen- und Sicherheitspolitik, die bisher ausgenommen war, kann in Zukunft eine verstärkte Zusammenarbeit eingeleitet werden. Dabei sind allerdings militärische und verteidigungspolitische Fragen ausgenommen.

Sanktionen gegen Mitgliedstaaten

Die Union kann bereits frühzeitig auf die Gefahr reagieren, dass ein Mitgliedstaat Prinzipien der Union wie Freiheit, Demokratie, Achtung der Menschenrechte und Grundfreiheiten sowie der Rechtsstaatlichkeit verletzt. Der Rat kann dann mit einer Mehrheit von 4/5 seiner Mitglieder nach Zustimmung des Europäischen Parlaments diese Gefahr feststellen und Empfehlungen an den betreffenden Staat richten.