Vater Albert Bacher, hochdekorierter General der Volkspolizei, ist überzeugter Kommunist. Zu Beginn der Handlung, 1985, ist er bereits verstorben, lebt aber in den Erinnerungen der Familie weiter. Die Mutter trauert und verklärt das Vorbild. Sohn Alexander tritt in die Fußstapfen des übermächtigen Vaters und observiert als Stasi-Hauptmann „Störer der staatlichen Ordnung“.

Die Schwester hingegen stellt als Architektin beim Leipziger Bauamt kritische Fragen zur Stadtplanung. Im Lauf der Erzählung kommt sie mit Menschen aus dem Umfeld der Leipziger Nikolaikirche in Kontakt, dem Zentrum des Widerstands.

Der Roman von 1995 wird ein Bestseller in Deutschland. Mit dem Erfolg des Buchs widerfährt dem Autor späte Gerechtigkeit: Erich Loest, bis in die 50er Jahre Vorsitzender des Leipziger Schriftstellerverbandes, bricht mit dem SED-Regime nach der Niederschlagung des Aufstands vom 17. Juni 1953. Wegen „konterrevolutionärer Gruppenbildung“ muss er ins Zuchthaus.

Zermürbt von Überwachung und Zensur, siedelt er 1981 in den Westen über, wo er die Ereignisse von 1989 verfolgt, ohne selbst mitdemonstrieren zu können. Kurz nach dem Mauerfall beginnt er mit der Recherche, führt Gespräche mit dem Pfarrer, forscht in Archiven, vor allem in den Akten der Stasi. Sein Buch wird später als zweiteilige TV-Sendung verfilmt.

Die tägliche Gespaltenheit der Menschen in der DDR, hautnah in einer spannenden Familien-Saga: „Nikolaikirche“ ist eine Chance, die DDR zu begreifen – ein lebendiges deutsches Buch.