Ebenfalls in Berlin erinnert das Denkmal für die ermordeten Juden Europas mit dem Stelenfeld und dem unterirdischen Ort der Information an die Ermordung von sechs Millionen Juden durch die Nationalsozialisten.

Der Bund hat außerdem die Errichtung des Denkmals für die im Nationalsozialismus verfolgten Homosexuellen finanziert. Entworfen wurde das Denkmal vom dänisch-norwegischen Künstlerduo Michael Elmgreen & Ingar Dragset. In seiner kubischen Form nimmt es Bezug auf die Stelen des gegenüber liegenden Denkmals für die ermordeten Juden Europas.

Auf einem Grundstück im Tiergarten, das vom Land Berlin zur Verfügung gestellt wurde, erinnert das Denkmal für die im Nationalsozialismus ermordeten Sinti und Roma an Hunderttausende Kinder, Frauen und Männer, die als "Zigeuner" Opfer des nationalsozialistischen Rassenwahns wurden. Gestaltet hat das Denkmal, das ebenfalls mit Mitteln des Bundes errichtet wurde, der israelische Künstler Dani Karavan. Das Denkmal für die im Nationalsozialismus ermordeten Sinti und Roma wird ebenso wie das Denkmal für die im Nationalsozialismus verfolgten Homosexuellen von der Stiftung Denkmal für die ermordeten Juden Europas betreut.

Anfang September 2014 wurde das Mahnmal für NS-"Euthanasie"-Opfer eingeweiht, das mit Mitteln des Bundes an der Berliner Tiergartenstraße 4 errichtet wurde. Dort befand sich die NS-Dienststelle, die mit der sogenannten "Aktion T4" die Massenmorde an Psychiatriepatienten organisierte.

Eine weitere herausragende Gedenkeinrichtung in Berlin ist die Gedenk- und Bildungsstätte Haus der Wannsee-Konferenz. Am authentischen Ort der sogenannten Wannsee-Konferenz informiert eine Ausstellung über die Verfolgung, Deportation, Ghettoisierung und systematische Ermordung der europäischen Juden durch die Nationalsozialisten. Die Einrichtung bietet zudem vielfältige pädagogische Angebote zum Beispiel für Schulklassen an.

Auf dem Gelände des Erinnerungsortes Topographie des Terrors befanden sich die Zentralen der Geheimen Staatspolizei, der SS und des Reichssicherheitshauptamts. Nun informiert dort ein internationales Dokumentations- und Begegnungszentrum umfassend über die verbrecherischen Systeme des Nationalsozialismus und fordert zur Auseinandersetzung mit der Geschichte auf.

Das Dokumentationszentrum NS-Zwangsarbeit in Schöneweide als Teil der Stiftung Topographie des Terrors hat die Aufgabe, über die Geschichte und Dimension der NS-Zwangsarbeit zu informieren und das Schicksal dieser Männer, Frauen und Kinder sichtbar zu machen. Die ehemaligen Unterkunftsbaracken auf dem Gelände des einzigen fast vollständig erhaltenen Zwangsarbeiterlagers aus der NS-Zeit dienen heute als Ausstellungs- und Veranstaltungsorte.

Zentraler nationaler Ort der Erinnerung an den Widerstand gegen den Nationalsozialismus ist die Gedenkstätte Deutscher Widerstand. Sie befindet sich im Bendlerblock in Berlin, am historischen Ort des Umsturzversuches vom 20. Juli 1944. Die "Stiftung Gedenkstätte Deutscher Widerstand" betreibt in Berlin auch das Museum Blindenwerkstatt Otto Weidt und die Gedenkstätte Stille Helden. Beide Gedenkorte erinnern an Menschen, die während der NS-Diktatur verfolgten Juden beistanden.