Unmittelbar unter dem europäischen Bio-Logo ist der Code beziehungsweise Name der Stelle anzubringen, die für die Kontrolle des letzten Erzeugers oder Bearbeiters zuständig ist. Wo die landwirtschaftlichen Ausgangsstoffe hergestellt wurden, muss wiederum unter dem Kontrollstellencode stehen. Dieser Code setzt sich wie folgt zusammen:
 
DE-0XX-Öko-Kontrollstelle
 
DE = Länderkürzel (DE = Deutschland; weitere Länderkürzel für EU-Mitgliedsstaaten, zum Beispiel NL für Niederlande); 0XX = Nummern- oder Buchstabenkombination (deutsche Kontrollstellen verwenden Ziffern, zum Beispiel 001; in anderen EU-Ländern sind auch Buchstaben üblich, zum Beispiel AIB für eine italienische Kontrollstelle)
 

Kontrollen sichern die Qualität

Europäische Landwirte müssen sich, nachdem die Umstellung auf Öko-Landbau vollständig abgeschlossen ist, jährlich umfangreichen Kontrollen unterziehen. Dazu gehören:

• Kontrollen der Belege über Kauf und Verkauf, Viehbestand und medizinische Logbücher und anderes,
  
  
• mögliche Probennahmen der Erzeugnisse,
  
  
• Kontrolle der Innen- und Außenbedingungen für den Viehbestand,
  
  
• Kontrollen der Felder, Obstgärten, Gewächshäuser und Weiden.

Die Kontrollstellen können zusätzliche Überprüfungen und Besuche "vor Ort" für solche Akteure einplanen, die ein höheres Risiko darstellen. 

Entsprechend der EG-Öko-Verordnung können die europäischen Mitgliedsstaaten entscheiden, ob sie das Kontrollverfahren durch staatliche Stellen oder als staatlich überwachtes privates System durchführen wollen. In Deutschland sind private Kontrollstellen zugelassen, die staatlich überwacht werden. Auf Grund der föderalen Struktur gibt es in Deutschland 16 Überwachungsbehörden in den Ländern. Sie sind für derzeit 23 am Markt tätige und zugelassene Kontrollstellen zuständig.
 
Falls zum Beispiel ein Bio-Bauer die Anforderungen nach EG-Öko-Verordnung nicht erfüllt, drohen ihm Strafen. Bei kleineren Verstößen werden Auflagen und kostenpflichtige Nachkontrollen verfügt. In schwerwiegenden Fällen kann ihm das Biozertifikat entzogen und das Recht aberkannt werden, die Erzeugnisse als Bio-Produkte zu vermarkten.
 
Landwirtschaftliche Produkte und Lebensmittel aus Staaten, die nicht der EU angehören, dürfen in der EU nur unter bestimmten Bedingungen als Öko-Ware vermarktet werden. In den Herkunftsländern müssen gleiche oder gleichwertige Regelungen sowohl hinsichtlich der Produktionsvorschriften als auch in Bezug auf die Kontrollmaßnahmen gelten. Zudem muss eine europäische Kontrollbehörde bestätigt haben, dass der europäische Standard erfüllt wird.